第一步，制作系统引导盘
在控制面板中双击“添加删除程序”，选择“启动盘”选项卡，插入空白磁盘并点击“创建启动盘”按钮，就开始制作启动盘了。这个启动盘支持光驱，包含了许多常用的DOS命令。但这并没有完，我们还需要两个文件，Deltree和Smartdrv这两个DOS命令，由于微软认为它们用处不大了，所以您的硬盘中可能找不到它们，不过它们还是被装进了Windows98的安装光盘中。
打开Windows98的安装光盘，在目录＼tools＼oldmsdos下可以找到上述两个文件，把它们拷贝到我们刚才做好的启动盘中（不用担心软盘空间，这两个小文件加起来不到70KB）。如果您手头没有Windows98的安装光盘，完全可以借用DOS6.XX下的这两个命令，我试过没有问题的。现在我们定制的这张启动盘就做好了，我们删除现有的系统和重装系统都要用到它。
第二步，删除现在的系统
很多应用程序在缺省的情况下都安装在Program下，其实有些程序完全是绿色程序，像QQ、Foxmail放在哪里都能用，建议您把它们转移到一个新建的目录下，这样重装系统后也不会丢失聊天记录和信件。然后把所有的个人文件转移到一个新建的目录下，仔细点儿别把自己有用的东西留在硬盘根目录、Windows和Program这三个目录之下。除了这三个目录以外的其他目录都可以原封不动地保留。插入启动盘，重新启动电脑，进入DOS界面。
首先输入：Smartdrv 回车（Smartdrv可以“极大”提高在DOS状态下硬盘的工作效率。如果您不想长时间地傻等，一定要启动它。）
然后输入：EDL ． 回车（删除根目录的所有文件，但这样并不彻底，因为一些属性为只读、系统、隐含的文件这样是删不掉的。）
输入：DIRC＼ ／AH 回车（这样就可以看到根目录下所有的残余文件了，然后用启动盘中的Deltree一一删去它们。）
再输入：Deltree文件名 回车（如果系统提问您确实要删除系统只读文件，点“Y”键确认，直到把它们删除干净为止。）
现在我们再删除三个Windows的系统目录，还是用Deltree命令，输入“Deltree C＼Windows回车”、“Deltree C＼Program 回车”、“Deltree Recycled回车”这三个命令，把这三个目录都干掉，当前的Windows98就彻底被拿掉了。
注意：上面的命令都是假设Windows按默认的方式来安装的，如果您安装时改变了系统目录，把上面的目录替换成系统的实际路径即可。
第三步，重装Windows98
用先前制作的启动盘启动电脑，在启动选项菜单中选择第一项，就是带光驱支持的那个，进入DOS界面。把您要安装的Windows系统光盘放入光驱，运行其中的Setup.exe就可以重新安装Windows98了。安装完操作系统后，看看，您以前的个人资料全都还在！
以上方法不仅仅适合Windows98，如果是Windows2000或WindowsXP并采用了NTFS分区格式，则要首先用分区转换工具（如PartitionMagic）把NTFS分区转换成FAT32或FAT16，再进行上面的操作。某些细节地方会有不同，稍微变通一下就好了。